La Secretaría de Salud de Fusagasugá es el ente rector encargado de dirigir el sistema municipal de seguridad social en salud, administrarlos recursos del sector, la gestión de la salud pública en el marco de los determinantes sociales; asistencia técnica e  inspección, vigilancia y control a los actores del sistema; y del fortalecimiento de la prevención en salud, con enfoque diferencial, detección del riesgo para el mejoramiento de la calidad de vida y bienestar de los fusagasugueños, promoviendo la participación social efectiva.